L’attuale organo è l’ultimo tassello di una lunga storia che, come accade per la Basilica di S. Vittore, ha le sue origini documentate in un primo strumento, posto nell’abside, costruito nel 1531 da Gian Giacomo Antegnati, uno dei membri dell’importante famiglia organaria bresciana. L’organo dell’Antegnati restò in uso fino al 1831, quando un fulmine colpì la sommità dell’abside danneggiando completamente lo strumento.

Fu così che nel 1832 l’organario varesino Luigi Maroni Biroldi costruì un nuovo organo, costruito nel tipico stile organario ottocentesco, sonorità dal timbro orchestrale e operistico. Lo strumento restò in uso per le funzioni nel santuario fino al 1982, quando, ormai in condizioni sempre più gravi, venne completamente ricostruito e ampliato dalla ditta Mascioni di Cuvio, dotandolo di una nuova consolle a trasmissione elettrica.

Lo strumento, posto in cassa lignea su una balconata in abside, si compone 27 registri comandabili da una consolle a due tastiere di 58 note (Do1-La5) e da una pedaliera concavo radiale di 30 note (Do1-Fa3) posto a livello del presbiterio.