​L’attuale organo a canne è opera della prestigiosa ditta organaria Mascioni di Cuvio, che nel 1935 progetto un nuovo grande strumento partendo dal precedente strumento del varesino Luigi Bernasconi del 1905.

Prima di questo strumento la basilica varesina ebbe vari strumenti pensati per l’azione liturgica. La storia degli organi della Basilica di San Vittore parte nel 1566, quando la Congregazione del Santo Crocifisso chiese all’organaro bresciano Benedetto Antegnati la costruzione del primo organo di cui si ha testimonianza nei documenti dell’archivio prepositurale. Nel 1672 venne commissionato all’organaro Carlo Prata un secondo organo da collocare frontalmente all’Antegnati.

Nel 1676 la Fabbriceria della Basilica chiese all’intagliatore e scultore varesino Bernardino Castelli la costruzione delle casse monumentali che ancora oggi racchiudono lo strumento.

La storia degli organi della Basilica vide anche la realizzazione di un nuovo strumento, in sostituzione di uno dei precedenti, da parte dell’organario varesino Eugenio Biroldi che tra il 1813 e il 1814 costruì questo nuovo strumento inserendolo in una delle due casse lignee.

Fu però l’organaro varesino Luigi Bernasconi a concepire un’unione dei due strumenti grazie ad un pioneristico sistema di trasmissione elettrica. Lo strumento del Bernasconi, inaugurato nel 1905, fu il primo organo a trasmissione elettrica del varesotto ma fu tuttavia anche oggeto di eventi avversi (nel 1906 un fulmine caduto sulla Basilica provocò un grave danneggiamento di tutto l’impianto elettrico) che portarono nel 1913 ad un progetto di ridimensionamento e ricollocamento dell’organo. Con la Grande Guerra i progetti si arenarono e lo strumento rimase nella sua collocazione.

Tuttavia, nel 1935, l’allora Prevosto Mons. Proserpio e l’organista G. B. Testone affidarono i lavori di rifacimento e ampliamento dell’organo a Vincenzo Mascioni di Cuvio, il quale, grazie alle abili maestranze, conservò circa la metà del canneggio esistente valorizzando la parte fonica dell’organo di Bernasconi e ampliando così lo strumento come lo vediamo oggi. L’organo venne inaugurato nel 1936 con due grandi concerti, il 6 settembre con il Mº Fernando Germani e il Mº Testone e il 7 settembre con il Mº Ferruccio Vignanelli. Lo strumento ha subito un importante lavoro di restauro nel 1981, per mano della Ditta Mascioni, con la costruzione della nuova consolle a tre tastiere situata all’interno del presbiterio e non più in cantoria, e successivamente nel 2018.

L’organo, interamente a trasmissione elettrica, dispone di 64 registri, comandabili da una consolle a tre tastiere da 61 tasti (Do1-Do6) e una pedaliera di concavo-radiale di 32 note (Do1-Sol3). La consolle è dotata, oltre che dalle due staffe a bilico per il graduatore e la cassa espressiva, anche di pistoncini manualiter e pedaliter per le varie combinazioni generali e particolari, per le unioni e per l’inserimento dei ripieni, delle ance e del tutti.

Disposizione fonica